Questa particolare chiesa che ben si inserisce nel contesto urbano di Macerata, fu costruita per volontà dei Padri Filippini, l’ordine religioso fondato da san Filippo Neri, sin dal 1697.
In realtà, il progetto della chiesa risale addirittura al 1689, e fu eseguito da Giovan Battista Contini; allievo del Bernini. Quando fu il momento di iniziare i lavori, tuttavia, a causa del rifiuto del capomastro a procedere, il progetto del Contini fu stralciato, e i frati chiamarono l’architetto romano  Ludovico Gregorini ad elaborare un nuovo progetto. Sul finire del 1697 partirono i lavori alla chiesa, i quali tuttavia durarono svariati decenni, a causa soprattutto dei numerosi scontri tra i capomastri del cantiere e Gregorini, al punto che essi si conclusero soltanto nel 1730, anno di apertura e consacrazione della chiesa. Nel 1742 fu completato anche l’attiguo convento.
Nel 1799 i frati lasciarono una prima volta la chiesa, a seguito delle soppressioni napoleoniche. Riuscirono a recuperarne il possesso soltanto nel 1808, sebbene il ritorno fu di durata molto breve: poiché già nel 1809 i frati ne furono scacciati nuovamente, a seguito dell’arresto di papa Pio VII da parte di Napoleone.
I frati tornarono nel complesso soltanto nel 1817, una volta, quindi, che la situazione politica dello Stato Pontificio si era stabilizzata, e vi rimasero fino al 1848, quando la abbandonarono definitivamente, sostituiti dai padri Barnabiti, i quali, a loro volta, ne furono scacciati nel 1861, a causa della soppressione degli ordini religiosi voluta dal neonato Regno d’Italia. Da quel momento la chiese divenne sede di parrocchia, compito che mantiene ancora oggi. Nel convento, invece, ha sede la Provincia di Macerata.

Dalle forme molto particolari, la chiesa è la perfetta quinta scenografica di via Santa Maria della Porta, grazie alla sua inusuale pianta a cuneo che completa il prospetto architettonico della via.
La facciata, incompiuta, si presenta stretta e slanciata e racchiusa da due ampi campanili angolari; l’aspetto severo, tuttavia, è ingentilito da due piccole cupole sui campanili, oltre che dall’elegante tiburio centrale, di ascendenza berniniana.
L’interno è un’unica aula a pianta ellittica. Vi si conservano una Natività della Vergine di Girolamo Donnini, la Madonna col bambino e i santi Giuseppe e Antonio di Marco Benafial (1755), la Crocifissione e una Madonna in Gloria di Francesco Mancini (1737); e, infine, la Madonna in adorazione del Figlio e San Gaetano da Thiene, di Ludovico Trasi (1634). L’altare maggiore fu realizzato tra il 1764 e il 1770, mentre i numerosi arredi intagliati sono opera di Silvestro Fioravanti, databili anch’essi al XVIII secolo.